传统的水产养殖，随着鱼的排泄物积累，水体的氨氮增加，毒性逐步增大，因此需要及时换水。而在鱼菜共生系统中，水产养殖的水被输送到水培栽培系统，由细菌将水中的氨氮分解成亚硝酸盐然后被硝化细菌分解成硝酸盐，硝酸盐可以直接被植物作为营养吸收利用。
鱼菜共生最有吸引力的地方有三点：
第一，种植方式、全流程自证清白。因为鱼菜共生系统中有鱼存在，任何农药都不能使用，稍有不慎会造成鱼和有益微生物种群的死亡和系统的崩溃。
第二，鱼菜共生系统脱离土壤栽培，避免了土壤的重金属污染，因此鱼菜共生系统蔬菜和水产品的重金属残留都远低于传统土壤栽培。
第三，鱼菜共生系统蔬菜有特有的水生根系，如果鱼菜共生农场带着根配送的话，消费者很容易识别蔬菜的来源，避免消费者产生这颗蔬菜是不是来自批发市场的疑虑。
鱼菜共生系统中，鱼并不单纯是养鱼，虾、蟹、贝之类的水产品也可以养殖。菜的种植是起到净化养殖水的目的，并可以附带一些蔬菜生产带来的经济效益。农作物方面，生菜、油菜、香菜、葱、姜、蒜、西红柿、黄瓜、茄子等叶菜和果菜都可以种植，并有不错的产量。
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